È ricordato per la prima volta in una pergamena del 1307 ed è probabile che a costruirlo sia stato Domenico Bertini incaricato dalla Repubblica di Lucca al riassetto delle terme. Pare che il suo nome derivi dalla tradizione degli abitanti del posto di bagnarsi con le sue acque il giorno di San Giovanni (24 giugno). In origine aveva tre piccoli bagni che dovettero ampliarsi quando la richiesta di cure si fece maggiore per cui seguirono lavori di ampliamento. Vi era un’unica sorgente di circa 38° C, che alimentava sei vasche ognuna predisposta per una determinata categoria di persone: i Cavalieri, i Cittadini, le Donne, gli Ebrei, i Servitori. In epoca baciocchiana le vasche furono rivestite di marmo e venne predisposta una sala per le cure idropidiche, inoltre vennero predisposte vasche singole che si affiancavano a quelle per i bagni in comune. Come ci ricorda il Prof. Bruno Cherubini nel suo libro I Bagni di Lucca, dal S. Giovanni si gode una delle più belle vedute sulla vallata della Lima e qui Heine fu ispirato a scrivere la sua celebre pagina del Reisebilder. L’acqua di questo bagno era usata per le immersioni e ci ricorda Michel de Montaigne che con l’acqua vi si preparava una sorta di pomata per la pelle. Il Bagno San Giovanni è stato recentemente restaurato. Georg Christoph Martini nel suo Viaggio in Toscana (1725-1745) così descrive il bagno:

“Il quarto bagno, detto San Giovanni, in posizione ridente e molto più alto dei precedenti, è ombreggiato da grandi alberi ed abbellito da siepi di bosso, come del resto tutti i vialetti che consentono piacevoli passeggiate. Questo bagno è diviso in tre stanze: una per gli uomini, una per le donne, e la terza per gli ebrei.”